Bayern wird auch in den Jahren nach 2013 in erheblichem Umfang von europäischen Regionalfördermitteln profitieren. Das ist laut Europaministerin Emilia Müller die zentrale Botschaft der jetzt von der EU-Kommission vorgelegten Gesetzgebungsvorschläge für die künftige europäische Kohäsions- und Strukturpolitik in den Jahren 2014 bis 2020. Müller: „Bayern bleibt Fördergebiet für die europäische Regionalförderung. Damit bleibt die europäische Regionalförderung ein wichtiges Instrument für mehr Wettbewerbsfähigkeit und Wachstum im Freistaat. Die europäische Förderung ist ein wichtiger Bestandteil der bayerischen Strukturpolitik in allen bayerischen Regierungsbezirken und insbesondere in Ostbayern. Wir werden sie weiterhin dazu nutzen, um den Freitstaat voranzubringen und strukturelle Unterschiede innerhalb Bayerns zurückzuführen.“ Nach den Worten der Euorpaministerin erhält Bayern in der aktuellen Finanzperiode 2007 bis 2013 alleine zur Stärkung der regionalen Wettbewerbsfähigkeit und Beschäftigung über 880 Millionen Euro. „Die Verteilung der Fördermittel auf die Mitgliedstaaten und Regionen ab 2014 steht noch nicht fest. Jetzt geht es darum, für möglichst hohe Fördermittel für Bayern zu kämpfen. Die Staatsregierung wird das mit hohem Einsatz tun“, so Europaministerin Müller.
Auf Widerstand Bayerns stoßen hingegen die Überlegungen der EU-Kommission, regionale Spielräume bei der Fördermittelvergabe zu stark einzuschränken. Europaministerin Müller: „Die Förderpolitik darf nicht zum Einfallstor für Brüsseler Einflussnahmen auf klar nationale Zuständigkeiten werden. Auch dürfen zu starke Zielvorgaben aus Brüssel nicht die optimale Prioritätensetzung vor Ort aushebeln. Angesichts dieses Brüsseler Zentralismus gibt es im anstehenden Gesetzgebungsverfahren noch deutlichen Korrekturbedarf.“
Die EU-Kommission hat am 06. Oktober 2011 ihre Vorschläge für die Verordnungen zur Kohäsions- und Strukturpolitik für die Jahre 2014 bis 2020 vorgelegt. Die darin vorgesehene Fortführung der Förderung auch der stärker entwickelten Regionen in Europa entspricht einer zentralen Forderung Bayerns.